Der Star bei vielen Musiksommerkonzerten und Gottesdiensten ist die historische Winzerorgel, die im Jahr 2022 ihren 175. Geburtstag feierte. Es ist die dritte, wenn nicht bereits die vierte an diesem Ort, denn bereits für das Mittelalter ist ein Organist nachweisbar. 1601 brannte die Kirche und mit ihr die Orgel. Nach dem Wiederaufbau hat um 1624 ein Instrument Einzug gehalten, über das wir keine näheren Angaben haben. Ab 1845 nahmen die Bemühungen um einen Orgelneubau auf der ebenfalls neu zu errichtenden Westempore an Intensität zu. Bis Weihnachten 1846 sollte das neue Instrument des Wismarer Orgelbaumeisters Friedrich Wilhelm Winzer (1811-1886) vollendet sein. Offenbar waren bis dahin nicht alle Rechnungen bezahlt, so dass die Einweihung erst am 7. Februar 1847 erfolgen konnte.
Heute ist die Schönberger Winzer-Orgel die größte noch erhaltene aus der Werkstatt Winzers, der sich um die Durchsetzung der damals fortschrittlichen Prinzipien des Orgelbautheoretikers und Liszt-Freundes Johann Gottlob Töpfer bemühte. Technisch folgt sie mit ihren mechanischen Schleifladen und den großen Keilbälgen der Tradition. Ihr Klang besticht durch Schönheit der Einzelregister, differenzierte Mischungsfähigkeit aller Stimmen und damit großer Farbigkeit und Dynamik. Auf zwei Manuale und Pedal verteilen sich 26 klingende Stimmen mit insgesamt 1379 Pfeifen.
Die reiche kirchenmusikalische Tradition und das heutige rege Konzertleben hätte sich ohne sie nie so entwickeln können. Schönberg wusste seine Orgel immer zu schätzen - auch in Zeiten, in denen sie als unmodern oder den falschen Idealen verhaftet galt. Das Schönberger Instrument ist fast original erhalten. In den ersten beiden Jahrzehnten hielt es sein Erbauer instand. 1894 erfolgte eine Reparatur und Neuintonation durch Grüneberg, Stettin, der 1895 das Register Trompete ersetzte. 1911 fügte Kemper, Lübeck, im Oberwerk die Aeoline ein. Anstelle des originalen Zinnprospektes, der 1917 für Kriegszwecke abgeliefert werden musste, wurden 1929 Ersatzpfeifen aus Zink eingebaut. Diese wurden bei der Restaurierung endlich durch originalgetreue Zinnpfeifen ersetzt. Zwischen 1982 und 1992 erfolgten größere Reinigungs- und Instandhaltungsarbeiten durch die Firmen Voigt, Bad Liebenwerda und Schuke, Potsdam, deren Erkenntnisse zu dem Entschluss führten, nunmehr die Orgel gründlich zu restaurieren. Die Arbeiten 2006-2008 mit einem Volumen von 330.000 Euro beinhalteten die originalgetreue Instandsetzung des technischen Aufbaus und des Gehäuses, die Ergänzung bzw. Rekonstruktion der fehlenden Teile (Prospektpfeifen, Octave 4' im Pedal) und die Konservierung der Intonation von Grüneberg.
Die Chororgel in der St. Laurentius-Kirche wurde 1966 von Jac. van der Linden & Co in den Niederlanden gebaut und 2018 von Orgelbaumeister Harm Dieder Kirschner (Weener) im Altarraum aufgestellt. Bei dieser Gelegenheit wurde ein Subbass dazu gebaut, der in das Orgelpodium eingelegt ist und in das Manual transponiert wird.
Die Orgel hat ein Manual und umfasst insgesamt 7 Register sowie eine Transmission. 2022 wurde sie um einen Tremulanten ergänzt.
Im benachbarten Katharinenhaus befindet sich ein kleines transportables zweiregistriges Orgelpositiv unbekannter Herkunft, das nach Instandsetzung einige Jahre Dienst in der Dorfkirche zu Ziethen (bei Ratzeburg) tat und 1987 durch Vermittlung von KMD Neithard Bethke als Geschenk über die damalige innerdeutsche Grenze nach Schönberg kam. 2000 wurde es von Harm Dieder Kirschner gründlich überholt. Zu einem stets erklingenden hölzernen Gedackt 8‘ (C-c3) kann man ein Gedackt 4‘ gleicher Bauweise dazu schalten.
